mRNA Secondary Structure Catalog — AA=20 (1000, switchable Knotty / ViennaRNA / DeRNA)

1000 entries · per-card top bar switches Knotty / ViennaRNA / DeRNA folds; Compare shows all three (Knotty differs from DeRNA in 450, from ViennaRNA in 438). All MFEs are Knotergy energies. · ./aa20_1000_assets/

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idx 2 Knottyidx 2 ViennaRNAidx 2 DeRNA initial
idx 2 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -15.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -15.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -15.1 AA DKASQPAQLRPIMCIYTNDP
Non-PK
idx 0 Knottyidx 0 ViennaRNAidx 0 DeRNA initial
idx 0 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -21.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -21.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -21.9 AA GLQVRCTRASTRNQLKAAME
Non-PK
idx 1 Knottyidx 1 ViennaRNAidx 1 DeRNA initial
idx 1 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · 16 PK-bp · MFE -13.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -10.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -10.9 AA LDIEIPEDLHQDAHKHRSNR
PK
idx 7 Knottyidx 7 ViennaRNAidx 7 DeRNA initial
idx 7 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -26.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -26.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -26.9 AA CAQERLGAMRGHLVEIGKDP
Non-PK
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idx 11 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · 4 PK-bp · MFE -11.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -10.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -10.1 AA TAFQPPMFNPPIPENPHYSY
PK
idx 5 Knottyidx 5 ViennaRNAidx 5 DeRNA initial
idx 5 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -22.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -22.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -22.1 AA LVEWPMLKVACNRSSASNDY
Non-PK
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idx 3 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.6 AA DGEDRPNHRCYREINNMVYH
Non-PK
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idx 9 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · 5 PK-bp · MFE -12.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -11.7 DeRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -11.7 AA VPPNPFDIHIIKNKRAMYME
PK
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idx 4 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -16.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -15.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -15.9 AA SCCCSEVFLCNFMSLANRMV
Non-PK
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idx 6 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -27.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -27.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -27.6 AA YGPTPHWPGKGRCGEDFMRT
Non-PK
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idx 13 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -12.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -12.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -12.8 AA WNFGEECIIIATHVDLNSLG
Non-PK
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idx 12 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · 8 PK-bp · MFE -15.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -14.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -13.8 AA KMYGCFGHWPTICKVICHGW
PK
idx 14 Knottyidx 14 ViennaRNAidx 14 DeRNA initial
idx 14 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -9.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -9.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -9.8 AA NFHDPQMSLMPCPICYFTLI
Non-PK
idx 10 Knottyidx 10 ViennaRNAidx 10 DeRNA initial
idx 10 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -28.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -28.0 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -28.0 AA SPLIGEERISACWFKGAEVQ
Non-PK
idx 15 Knottyidx 15 ViennaRNAidx 15 DeRNA initial
idx 15 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -15.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -15.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -15.3 AA QTVTTSNDIFPPRHMDGMVN
Non-PK
idx 8 Knottyidx 8 ViennaRNAidx 8 DeRNA initial
idx 8 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.7 AA MNILVLQEDVAIDRVRNWWH
Non-PK
idx 17 Knottyidx 17 ViennaRNAidx 17 DeRNA initial
idx 17 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -16.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -14.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -14.4 AA WRCGMPNQWYMNNPDEEPMM
Non-PK
idx 16 Knottyidx 16 ViennaRNAidx 16 DeRNA initial
idx 16 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -19.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -19.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -19.2 AA IFHPSTNFDLQEILWVYWDA
Non-PK
idx 22 Knottyidx 22 ViennaRNAidx 22 DeRNA initial
idx 22 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -15.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -14.7 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -14.7 AA AASDNENYSVETYKKEHWPI
Non-PK
idx 18 Knottyidx 18 ViennaRNAidx 18 DeRNA initial
idx 18 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -21.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -21.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -21.2 AA ARKIKGASVIIPGFSGTRHP
Non-PK
idx 20 Knottyidx 20 ViennaRNAidx 20 DeRNA initial
idx 20 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -19.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -19.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -19.6 AA ACRWPHVTMRVIWPTRFYMW
Non-PK
idx 23 Knottyidx 23 ViennaRNAidx 23 DeRNA initial
idx 23 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -13.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -13.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -13.9 AA KENPEEQWHLIYAPTSVENF
Non-PK
idx 21 Knottyidx 21 ViennaRNAidx 21 DeRNA initial
idx 21 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -11.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -11.7 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -11.7 AA KLYKMVSDLCNNLKFKQTMC
Non-PK
idx 24 Knottyidx 24 ViennaRNAidx 24 DeRNA initial
idx 24 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -24.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -24.0 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -24.0 AA AIWRHKGACFQARDAALYAY
Non-PK
idx 27 Knottyidx 27 ViennaRNAidx 27 DeRNA initial
idx 27 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -16.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -16.7 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -16.7 AA QGDHRIRCNTEIENHRLECH
Non-PK
idx 19 Knottyidx 19 ViennaRNAidx 19 DeRNA initial
idx 19 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -17.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.9 AA QIKGEFEALPWLYLHEKTLY
Non-PK
idx 26 Knottyidx 26 ViennaRNAidx 26 DeRNA initial
idx 26 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -17.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.4 AA EHAGIHLKSMQKRPFCVEIR
Non-PK
idx 25 Knottyidx 25 ViennaRNAidx 25 DeRNA initial
idx 25 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -15.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -15.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -15.7 AA YPEPEKLYWRYWFAVCCHYY
Non-PK
idx 29 Knottyidx 29 ViennaRNAidx 29 DeRNA initial
idx 29 Knotty: AA20 · 60 nt · 24 bp · 21 PK-bp · MFE -13.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -13.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -13.2 AA MYIYSWIPLYFRKVFAVRNC
PK
idx 30 Knottyidx 30 ViennaRNAidx 30 DeRNA initial
idx 30 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -16.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -16.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -16.1 AA RAPFQQNNGGFNSFCNRVNV
Non-PK
idx 28 Knottyidx 28 ViennaRNAidx 28 DeRNA initial
idx 28 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -19.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -19.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -19.1 AA ISSVRQCTCCFHDINSLKKI
Non-PK
idx 31 Knottyidx 31 ViennaRNAidx 31 DeRNA initial
idx 31 Knotty: AA20 · 60 nt · 24 bp · MFE -26.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 24 bp · MFE -26.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 24 bp · MFE -26.3 AA HFSCGCWVTQEHLGCCDRAN
Non-PK
idx 43 Knottyidx 43 ViennaRNAidx 43 DeRNA initial
idx 43 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -16.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -16.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -16.8 AA KVYKKDQDNSPPTKARTCYT
Non-PK
idx 33 Knottyidx 33 ViennaRNAidx 33 DeRNA initial
idx 33 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -12.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -12.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -12.4 AA YSCFLPMHLNMMSRYQMDFT
Non-PK
idx 41 Knottyidx 41 ViennaRNAidx 41 DeRNA initial
idx 41 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -15.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -15.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -15.9 AA MCHKPLSTFDPQAHNLPVFV
Non-PK
idx 32 Knottyidx 32 ViennaRNAidx 32 DeRNA initial
idx 32 Knotty: AA20 · 60 nt · 25 bp · 23 PK-bp · MFE -13.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -13.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -13.4 AA AVHYKLGMFRWSHSKFNINI
PK
idx 37 Knottyidx 37 ViennaRNAidx 37 DeRNA initial
idx 37 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.0 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.0 AA FCDIMAPNEIAPHWKQRKSN
Non-PK
idx 39 Knottyidx 39 ViennaRNAidx 39 DeRNA initial
idx 39 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -20.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 24 bp · MFE -20.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 24 bp · MFE -20.6 AA MPIQNYEDQYTLRWYRSSGA
Non-PK
idx 36 Knottyidx 36 ViennaRNAidx 36 DeRNA initial
idx 36 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -20.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -20.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -20.1 AA ETPNATSNVVTCWSILCGWV
Non-PK
idx 38 Knottyidx 38 ViennaRNAidx 38 DeRNA initial
idx 38 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -18.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -18.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -18.4 AA TSDEAGYIGWHDNSLTFPQC
Non-PK
idx 40 Knottyidx 40 ViennaRNAidx 40 DeRNA initial
idx 40 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -14.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -14.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -14.9 AA KLTWKICCTGTNHPSPMNVM
Non-PK
idx 35 Knottyidx 35 ViennaRNAidx 35 DeRNA initial
idx 35 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -18.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -18.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -18.1 AA PVSDTYSERQLNRYIELNWN
Non-PK
idx 34 Knottyidx 34 ViennaRNAidx 34 DeRNA initial
idx 34 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -20.5 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -20.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -20.5 AA IFILNPTISCKCCGLGEWRM
Non-PK
idx 45 Knottyidx 45 ViennaRNAidx 45 DeRNA initial
idx 45 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -19.5 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -19.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -19.5 AA WYQTMSISSSDAHDHKRFDV
Non-PK
idx 47 Knottyidx 47 ViennaRNAidx 47 DeRNA initial
idx 47 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · 20 PK-bp · MFE -17.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -17.0 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -17.0 AA YHMSHAVFTAMLDERSANPC
PK
idx 48 Knottyidx 48 ViennaRNAidx 48 DeRNA initial
idx 48 Knotty: AA20 · 60 nt · 16 bp · MFE -16.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -15.7 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -14.7 AA AFGVPMFWTPPPFRIQMDQC
Non-PK
idx 42 Knottyidx 42 ViennaRNAidx 42 DeRNA initial
idx 42 Knotty: AA20 · 60 nt · 24 bp · 4 PK-bp · MFE -20.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -20.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -20.5 AA WVFRWWDGKPPCMNGPPWPG
PK
idx 46 Knottyidx 46 ViennaRNAidx 46 DeRNA initial
idx 46 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -19.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -19.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -19.6 AA RARLSQKSVTQMECSIHWVS
Non-PK
idx 52 Knottyidx 52 ViennaRNAidx 52 DeRNA initial
idx 52 Knotty: AA20 · 60 nt · 15 bp · MFE -14.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 15 bp · MFE -14.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 15 bp · MFE -14.4 AA DKNDDQKRCCAVDMMGSEPP
Non-PK
idx 44 Knottyidx 44 ViennaRNAidx 44 DeRNA initial
idx 44 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -21.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -21.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -21.1 AA TGTSGIRWQMANHCHQYDIR
Non-PK
idx 51 Knottyidx 51 ViennaRNAidx 51 DeRNA initial
idx 51 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -14.5 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -14.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -14.5 AA MDEEEDMIFNVMMYIEAYFS
Non-PK
idx 49 Knottyidx 49 ViennaRNAidx 49 DeRNA initial
idx 49 Knotty: AA20 · 60 nt · 16 bp · MFE -20.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 16 bp · MFE -20.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 16 bp · MFE -20.2 AA CCLIIWCPPKRPNGMQPGGK
Non-PK
idx 50 Knottyidx 50 ViennaRNAidx 50 DeRNA initial
idx 50 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -17.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -16.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -16.2 AA QDREYWWDIFEILLLLESYS
Non-PK
idx 54 Knottyidx 54 ViennaRNAidx 54 DeRNA initial
idx 54 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -17.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -16.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -16.4 AA YFAPFEIEPWGPCFAGIGQQ
Non-PK
idx 53 Knottyidx 53 ViennaRNAidx 53 DeRNA initial
idx 53 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -22.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -21.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -21.6 AA WVAAYNWRTHMTWAMQRGRT
Non-PK
idx 56 Knottyidx 56 ViennaRNAidx 56 DeRNA initial
idx 56 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -13.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -13.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -13.9 AA AMNQYENMHDTLEDQHRCRP
Non-PK
idx 57 Knottyidx 57 ViennaRNAidx 57 DeRNA initial
idx 57 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -18.5 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -18.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -18.5 AA PPIMHWEEAGPAMRINMKWC
Non-PK
idx 55 Knottyidx 55 ViennaRNAidx 55 DeRNA initial
idx 55 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -20.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -20.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -20.2 AA LNYSQEWGSCKERCGYTRLC
Non-PK
idx 58 Knottyidx 58 ViennaRNAidx 58 DeRNA initial
idx 58 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -22.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -23.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -23.3 AA RLRPVKLQGRKCAAEWTFDY
Non-PK
idx 59 Knottyidx 59 ViennaRNAidx 59 DeRNA initial
idx 59 Knotty: AA20 · 60 nt · 24 bp · 7 PK-bp · MFE -22.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -22.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -22.1 AA EAAPLWGEVQRGWPFFIFTY
PK
idx 60 Knottyidx 60 ViennaRNAidx 60 DeRNA initial
idx 60 Knotty: AA20 · 60 nt · 26 bp · 22 PK-bp · MFE -19.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -18.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -18.5 AA GYPPAFVHMSKLGIMFNKPV
PK
idx 61 Knottyidx 61 ViennaRNAidx 61 DeRNA initial
idx 61 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -13.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -13.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -13.1 AA PSDLICCYKEINHQCPDHCQ
Non-PK
idx 62 Knottyidx 62 ViennaRNAidx 62 DeRNA initial
idx 62 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -14.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -14.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -14.8 AA SGDGQGNSQVMFAPQYTCNE
Non-PK
idx 66 Knottyidx 66 ViennaRNAidx 66 DeRNA initial
idx 66 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -13.5 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -13.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -13.5 AA QPGQFTYWAYELIYAKKDHN
Non-PK
idx 67 Knottyidx 67 ViennaRNAidx 67 DeRNA initial
idx 67 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -16.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -16.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -16.8 AA AFHHALRFIPNNNVMYTHKF
Non-PK
idx 64 Knottyidx 64 ViennaRNAidx 64 DeRNA initial
idx 64 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -17.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -16.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -16.8 AA DWYIAFPQWDRKQTPAWIAL
Non-PK
idx 65 Knottyidx 65 ViennaRNAidx 65 DeRNA initial
idx 65 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -25.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -25.7 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -23.9 AA IWKQGAWVEAFSVIGPGTGD
Non-PK
idx 63 Knottyidx 63 ViennaRNAidx 63 DeRNA initial
idx 63 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -19.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 24 bp · MFE -19.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 24 bp · MFE -19.9 AA INSLDRLRGDIMLMSGHGCR
Non-PK
idx 69 Knottyidx 69 ViennaRNAidx 69 DeRNA initial
idx 69 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -19.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -19.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -19.0 AA KAHLTEHYMQKAWMWSWVPH
Non-PK
idx 74 Knottyidx 74 ViennaRNAidx 74 DeRNA initial
idx 74 Knotty: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -20.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -20.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -20.8 AA HPGRCPRGNLAHSREKMQKY
Non-PK
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idx 83 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -18.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -18.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -18.1 AA PIWDTGVRKIVNYSGSEEHI
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idx 106 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -17.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.4 AA ATFCHNAETCCCAVIGPCQE
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idx 110 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -18.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -18.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -18.1 AA ASIPIQNQPDAQGCSSKYDW
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idx 108 Knotty: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -15.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -14.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -14.9 AA DEMLWNNYMPCIFVFHNEDP
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idx 111 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -16.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -16.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -16.2 AA NVEHAKAHQYEWEQCFYMIL
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idx 107 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -21.5 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -21.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -21.5 AA SFAFEPTPNRSFLGAEHLCC
Non-PK
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idx 109 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -20.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -20.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -20.6 AA WPIDIVHDQRTSQSWCGRDQ
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idx 112 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -15.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -15.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -15.5 AA KNVLYVDEHGDYLWFQWKNQ
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idx 80 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · 6 PK-bp · MFE -15.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -15.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -15.3 AA DRWKNLRTKFRMQTGECQIC
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idx 115 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -22.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -22.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -22.1 AA RAHAVWELRCRCFYYKRMCK
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idx 113 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.5 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.5 AA RNYACHRDGYMYGQDATGDG
Non-PK
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idx 114 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -14.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -14.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -14.6 AA FMHDWNEVGRVVDVFWEYWI
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idx 116 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · 3 PK-bp · MFE -15.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -14.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -14.8 AA GDAQVYDPCESLFKMWMNNE
PK
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idx 118 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -18.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 24 bp · MFE -17.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 24 bp · MFE -17.5 AA HFLWEYRIMCRVSVRATKDH
Non-PK
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idx 119 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -14.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -14.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -14.6 AA TRVIPRVKERMATIQWEKTI
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idx 122 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -12.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -10.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -10.8 AA KANPESWMYAKHKCRHQQQQ
Non-PK
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idx 121 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -22.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -22.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -22.3 AA MDRMHVGAWYANNPQPAIQV
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idx 123 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -15.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -15.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -15.3 AA QDFFDQVYYHAPELFIPYSG
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idx 120 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -24.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 24 bp · MFE -24.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 24 bp · MFE -24.5 AA LSEEFWEYPPSPPKVLKRQR
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idx 124 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -17.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -17.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -17.2 AA CIQYQWQNAVFDHGDFVVIP
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idx 125 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -18.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -18.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -18.2 AA LKFEEWSHEILRPPPTAQAA
Non-PK
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idx 126 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -17.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -17.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -17.3 AA QYDWSAKFCPKMGPTHFDFL
Non-PK
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idx 117 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -15.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -15.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -15.8 AA PVCNPGFSYYSDRRMIKSLP
Non-PK
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idx 128 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -18.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -18.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -18.1 AA NVWADGRLPNIWFAQCINYN
Non-PK
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idx 127 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -13.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -13.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -13.9 AA IWHMKFVPQWMDACKGEGGA
Non-PK
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idx 130 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · 11 PK-bp · MFE -16.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -15.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -15.6 AA QHQDSKGMDQWGSFVDYKFT
PK
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idx 129 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -17.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -17.0 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -17.0 AA RDTEGRIVNQDMNWACVFMH
Non-PK
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idx 131 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -14.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -14.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -14.2 AA KHTRDQDFANYQDWMIRNCP
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idx 132 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -17.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -17.7 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -17.7 AA DLMKVVTRLCIPICTNFAFA
Non-PK
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idx 133 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -17.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.8 AA YCSHWCKPPSNGPRDDNAKK
Non-PK
idx 134 Knottyidx 134 ViennaRNAidx 134 DeRNA initial
idx 134 Knotty: AA20 · 60 nt · 25 bp · MFE -19.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 25 bp · MFE -19.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 25 bp · MFE -19.6 AA YLHAFEVCSEFLLFMLEVWD
Non-PK
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idx 136 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -16.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -16.0 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -16.0 AA EMHTLFPADMWVGIAHFKGY
Non-PK
idx 138 Knottyidx 138 ViennaRNAidx 138 DeRNA initial
idx 138 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -14.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -13.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -13.0 AA KDPLNMDFFNYPGKKACGHD
Non-PK
idx 137 Knottyidx 137 ViennaRNAidx 137 DeRNA initial
idx 137 Knotty: AA20 · 60 nt · 25 bp · MFE -16.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 25 bp · MFE -16.7 DeRNA: AA20 · 60 nt · 25 bp · MFE -16.7 AA TSSMKCLFLPKEMFVYPMKF
Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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idx 175 Knotty: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -10.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -10.0 DeRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -10.0 AA FQENSSVKKNQDKDNHFFNH
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idx 176 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -15.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -15.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -15.2 AA QHPGGWQCDFGINNKVTIMP
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idx 178 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -18.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -18.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -18.6 AA SPNRQIHNHWPFKCHCTAAG
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Non-PK
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idx 179 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -19.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -19.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -19.3 AA DDWNSCGTPDRCRRFLNGYD
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idx 183 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -17.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -17.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -17.3 AA SSIHSWDMKIVARSHCNHNW
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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idx 186 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -20.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -20.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -20.1 AA CDPCNTTACCMLDHMIAASY
Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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PK
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Non-PK
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Non-PK
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idx 201 Knotty: AA20 · 60 nt · 15 bp · MFE -11.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 15 bp · MFE -11.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 15 bp · MFE -11.3 AA PTNEEQPWVMLAETKNDDQK
Non-PK
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idx 194 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -16.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -16.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -16.2 AA TKCSEAKFSEAECMKWPGIF
Non-PK
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PK
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idx 195 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.4 AA YAEWDQYDIWICCNPFICEI
Non-PK
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idx 199 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -15.3 AA HYLCYAIHLQCRYSAHWNPT
Non-PK
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idx 198 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -24.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 24 bp · MFE -21.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -23.3 AA WYWMHSETGMAGPMGVHPYE
Non-PK
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idx 196 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -17.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -16.7 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -16.7 AA KSYATAKICFSNTPCLRPVC
Non-PK
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idx 200 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -23.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -23.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -23.3 AA KTADPRATKVFRLDWPHCPP
Non-PK
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idx 197 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -21.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -21.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -21.8 AA VTKWGQFVSPHNSWLVMFRV
Non-PK
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idx 205 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -15.5 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -15.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -15.5 AA SMCKWFIDNESDVVVHLGQP
Non-PK
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idx 203 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -20.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -20.0 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -19.4 AA SCTIIPTPWSDMTAQVCMID
Non-PK
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idx 204 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -19.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -19.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -19.5 AA IILPWSEKSWFCGHRTFLRP
Non-PK
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idx 207 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -20.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -20.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -20.8 AA VLPWKDGIGVQMRNDPCWQG
Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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idx 269 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -20.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -19.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -19.5 AA VGHMYCVWLRLAKCMQELWC
Non-PK
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idx 610 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · 4 PK-bp · MFE -14.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -13.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -13.4 AA CKHWYMMTMKWFMSYIAHDH
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Non-PK
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idx 712 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -20.5 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -20.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 24 bp · MFE -19.7 AA DAFSHGGHGVGVMFKQKRTL
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idx 713 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -19.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -19.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -19.4 AA GVPDLWSMCAYNWPSSDTMG
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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PK
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Non-PK
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Non-PK
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Non-PK
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idx 735 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -19.5 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -19.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -19.5 AA GGIVQWLCVGRENLCLKDYS
Non-PK
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Non-PK
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idx 738 Knotty: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -15.5 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -14.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -14.3 AA INLYMVSQMARFSQTSCPMN
Non-PK
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idx 739 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -13.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -13.0 DeRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -13.0 AA HCHVKQTPVNHIIEMWRQIH
Non-PK
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idx 740 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -22.5 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -21.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -22.5 AA EKAHSATTETNSPHSLGAYT
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Non-PK
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idx 742 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -17.1 AA WSKQWSCAWVKEMLMFFFGC
Non-PK
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idx 734 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -17.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -17.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -17.4 AA ITAVHASWCYNEDNVWWMRG
Non-PK
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PK
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