mRNA Secondary Structure Catalog — all pseudoknotted (AA 4–60, switchable Knotty / ViennaRNA / DeRNA)

823 entries · per-card top bar switches Knotty / ViennaRNA / DeRNA folds; Compare shows all three (Knotty differs from DeRNA in 823, from ViennaRNA in 823). All MFEs are Knotergy energies. · ./all_pk_aa1-60_assets/

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idx 71 Knottyidx 71 ViennaRNAidx 71 DeRNA initial
idx 71 Knotty: AA4 · 12 nt · 6 bp · 3 PK-bp · MFE -0.4 ViennaRNA: AA4 · 12 nt · 0 bp · MFE 0.0 DeRNA: AA4 · 12 nt · 0 bp · MFE 0.0 AA DTIG
PK
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idx 99 Knotty: AA4 · 12 nt · 6 bp · 3 PK-bp · MFE -1.0 ViennaRNA: AA4 · 12 nt · 3 bp · MFE -0.7 DeRNA: AA4 · 12 nt · 3 bp · MFE -0.7 AA FGRA
PK
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idx 13 Knotty: AA5 · 15 nt · 6 bp · 2 PK-bp · MFE -1.5 ViennaRNA: AA5 · 15 nt · 4 bp · MFE -0.8 DeRNA: AA5 · 15 nt · 4 bp · MFE -0.8 AA CFEHC
PK
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idx 21 Knotty: AA5 · 15 nt · 7 bp · 2 PK-bp · MFE -1.4 ViennaRNA: AA5 · 15 nt · 5 bp · MFE -1.0 DeRNA: AA5 · 15 nt · 5 bp · MFE -1.0 AA CTMYN
PK
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idx 37 Knotty: AA5 · 15 nt · 5 bp · 3 PK-bp · MFE -0.8 ViennaRNA: AA5 · 15 nt · 3 bp · MFE -0.8 DeRNA: AA5 · 15 nt · 3 bp · MFE -0.8 AA HWCWA
PK
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idx 50 Knotty: AA5 · 15 nt · 6 bp · 4 PK-bp · MFE -2.3 ViennaRNA: AA5 · 15 nt · 4 bp · MFE -0.6 DeRNA: AA5 · 15 nt · 4 bp · MFE -0.6 AA LEQDA
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idx 86 Knotty: AA5 · 15 nt · 7 bp · 5 PK-bp · MFE -1.5 ViennaRNA: AA5 · 15 nt · 5 bp · MFE -0.7 DeRNA: AA5 · 15 nt · 5 bp · MFE -0.7 AA VIYEV
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idx 7 Knotty: AA6 · 18 nt · 8 bp · 5 PK-bp · MFE -3.0 ViennaRNA: AA6 · 18 nt · 5 bp · MFE -2.4 DeRNA: AA6 · 18 nt · 5 bp · MFE -2.4 AA GYWCYQ
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idx 11 Knotty: AA6 · 18 nt · 7 bp · 3 PK-bp · MFE -1.8 ViennaRNA: AA6 · 18 nt · 6 bp · MFE -0.8 DeRNA: AA6 · 18 nt · 6 bp · MFE -0.8 AA KQMWSR
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idx 14 Knotty: AA6 · 18 nt · 8 bp · 3 PK-bp · MFE -4.1 ViennaRNA: AA6 · 18 nt · 4 bp · MFE -3.0 DeRNA: AA6 · 18 nt · 4 bp · MFE -3.0 AA CQSWCE
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idx 28 Knotty: AA6 · 18 nt · 7 bp · 5 PK-bp · MFE -2.1 ViennaRNA: AA6 · 18 nt · 6 bp · MFE -1.5 DeRNA: AA6 · 18 nt · 6 bp · MFE -1.5 AA GPFKEE
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idx 35 Knotty: AA6 · 18 nt · 7 bp · 2 PK-bp · MFE -2.3 ViennaRNA: AA6 · 18 nt · 5 bp · MFE -1.8 DeRNA: AA6 · 18 nt · 5 bp · MFE -1.8 AA DLKVQN
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idx 43 Knotty: AA6 · 18 nt · 5 bp · 3 PK-bp · MFE -0.5 ViennaRNA: AA6 · 18 nt · 4 bp · MFE -0.1 DeRNA: AA6 · 18 nt · 4 bp · MFE -0.1 AA KMPVVK
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idx 68 Knotty: AA6 · 18 nt · 7 bp · 5 PK-bp · MFE -3.2 ViennaRNA: AA6 · 18 nt · 5 bp · MFE -3.0 DeRNA: AA6 · 18 nt · 5 bp · MFE -3.0 AA QCSEWA
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idx 66 Knotty: AA6 · 18 nt · 7 bp · 5 PK-bp · MFE -0.8 ViennaRNA: AA6 · 18 nt · 7 bp · MFE 0.7 DeRNA: AA6 · 18 nt · 7 bp · MFE 0.7 AA DHFLNV
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idx 64 Knotty: AA6 · 18 nt · 8 bp · 6 PK-bp · MFE -2.9 ViennaRNA: AA6 · 18 nt · 6 bp · MFE -1.7 DeRNA: AA6 · 18 nt · 6 bp · MFE -1.7 AA VYLCEI
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idx 76 Knotty: AA6 · 18 nt · 7 bp · 3 PK-bp · MFE -0.3 ViennaRNA: AA6 · 18 nt · 4 bp · MFE -0.0 DeRNA: AA6 · 18 nt · 4 bp · MFE -0.0 AA HDFDME
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idx 89 Knotty: AA6 · 18 nt · 7 bp · 5 PK-bp · MFE -1.6 ViennaRNA: AA6 · 18 nt · 5 bp · MFE -1.5 DeRNA: AA6 · 18 nt · 5 bp · MFE -1.5 AA FHLNQI
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idx 83 Knotty: AA6 · 18 nt · 7 bp · 5 PK-bp · MFE -4.6 ViennaRNA: AA6 · 18 nt · 5 bp · MFE -4.4 DeRNA: AA6 · 18 nt · 5 bp · MFE -4.4 AA DWRAPR
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idx 26 Knotty: AA7 · 21 nt · 8 bp · 5 PK-bp · MFE -1.8 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 5 bp · MFE -0.2 DeRNA: AA7 · 21 nt · 5 bp · MFE -0.2 AA FMQCHYL
PK
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idx 20 Knotty: AA7 · 21 nt · 6 bp · 4 PK-bp · MFE -1.6 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 4 bp · MFE -1.5 DeRNA: AA7 · 21 nt · 4 bp · MFE -1.5 AA YHMQIAE
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idx 27 Knotty: AA7 · 21 nt · 6 bp · 4 PK-bp · MFE -0.2 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 6 bp · MFE 1.3 DeRNA: AA7 · 21 nt · 6 bp · MFE 1.3 AA QAREWKF
PK
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idx 24 Knotty: AA7 · 21 nt · 7 bp · 3 PK-bp · MFE -2.4 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 5 bp · MFE -2.0 DeRNA: AA7 · 21 nt · 5 bp · MFE -2.0 AA CRMLYQN
PK
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idx 39 Knotty: AA7 · 21 nt · 8 bp · 3 PK-bp · MFE -4.4 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 5 bp · MFE -3.8 DeRNA: AA7 · 21 nt · 5 bp · MFE -3.8 AA FRYSRYP
PK
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idx 59 Knotty: AA7 · 21 nt · 7 bp · 3 PK-bp · MFE -2.8 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 4 bp · MFE -1.6 DeRNA: AA7 · 21 nt · 4 bp · MFE -1.6 AA EEYSCNY
PK
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idx 58 Knotty: AA7 · 21 nt · 7 bp · 4 PK-bp · MFE -2.5 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 6 bp · MFE -0.9 DeRNA: AA7 · 21 nt · 6 bp · MFE -0.9 AA LKYVCCM
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idx 38 Knotty: AA7 · 21 nt · 7 bp · 2 PK-bp · MFE -3.5 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 5 bp · MFE -3.0 DeRNA: AA7 · 21 nt · 7 bp · MFE -3.1 AA NSLSDRK
PK
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idx 54 Knotty: AA7 · 21 nt · 10 bp · 3 PK-bp · MFE -2.7 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 7 bp · MFE -2.4 DeRNA: AA7 · 21 nt · 7 bp · MFE -2.4 AA FDNCIKW
PK
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idx 66 Knotty: AA7 · 21 nt · 7 bp · 3 PK-bp · MFE -2.4 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 6 bp · MFE -1.6 DeRNA: AA7 · 21 nt · 6 bp · MFE -1.6 AA HEGSMCG
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idx 61 Knotty: AA7 · 21 nt · 9 bp · 7 PK-bp · MFE -6.5 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 8 bp · MFE -5.5 DeRNA: AA7 · 21 nt · 8 bp · MFE -5.5 AA PESGILS
PK
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idx 76 Knotty: AA7 · 21 nt · 7 bp · 3 PK-bp · MFE -0.9 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 4 bp · MFE -0.6 DeRNA: AA7 · 21 nt · 4 bp · MFE -0.6 AA ITFTYNW
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idx 87 Knotty: AA7 · 21 nt · 8 bp · 6 PK-bp · MFE -3.0 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 7 bp · MFE -2.9 DeRNA: AA7 · 21 nt · 7 bp · MFE -2.9 AA WFEDIFE
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idx 73 Knotty: AA7 · 21 nt · 7 bp · 4 PK-bp · MFE -0.6 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 6 bp · MFE -0.1 DeRNA: AA7 · 21 nt · 6 bp · MFE -0.1 AA AMQDPNV
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idx 70 Knotty: AA7 · 21 nt · 6 bp · 4 PK-bp · MFE -1.2 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 6 bp · MFE -1.0 DeRNA: AA7 · 21 nt · 6 bp · MFE -1.0 AA PTDNEYS
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idx 64 Knotty: AA7 · 21 nt · 8 bp · 6 PK-bp · MFE -4.5 ViennaRNA: AA7 · 21 nt · 6 bp · MFE -4.2 DeRNA: AA7 · 21 nt · 6 bp · MFE -4.2 AA DHCLRRL
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idx 13 Knotty: AA8 · 24 nt · 8 bp · 5 PK-bp · MFE -3.3 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 8 bp · MFE -2.6 DeRNA: AA8 · 24 nt · 8 bp · MFE -2.6 AA CYVVCECK
PK
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idx 14 Knotty: AA8 · 24 nt · 9 bp · 7 PK-bp · MFE -4.2 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -3.4 DeRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -3.4 AA FHEEMFFT
PK
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idx 24 Knotty: AA8 · 24 nt · 7 bp · 4 PK-bp · MFE -1.8 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 6 bp · MFE -2.1 DeRNA: AA8 · 24 nt · 6 bp · MFE -2.1 AA ENQTACRY
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idx 4 Knotty: AA8 · 24 nt · 7 bp · 4 PK-bp · MFE -0.5 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 3 bp · MFE 0.1 DeRNA: AA8 · 24 nt · 4 bp · MFE -0.2 AA HNPLHKFE
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idx 27 Knotty: AA8 · 24 nt · 11 bp · 6 PK-bp · MFE -3.6 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -2.1 DeRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -2.1 AA YFNQEDFG
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idx 41 Knotty: AA8 · 24 nt · 9 bp · 4 PK-bp · MFE -3.2 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 4 bp · MFE -2.0 DeRNA: AA8 · 24 nt · 4 bp · MFE -2.0 AA IIKWYGSQ
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idx 55 Knotty: AA8 · 24 nt · 8 bp · 3 PK-bp · MFE -4.2 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -3.5 DeRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -3.5 AA PYWQEWWP
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idx 36 Knotty: AA8 · 24 nt · 7 bp · 4 PK-bp · MFE -2.6 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 4 bp · MFE -1.3 DeRNA: AA8 · 24 nt · 4 bp · MFE -1.3 AA FMNHAYQS
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idx 56 Knotty: AA8 · 24 nt · 9 bp · 7 PK-bp · MFE -3.0 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -2.6 DeRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -2.6 AA VMNPMRNQ
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idx 33 Knotty: AA8 · 24 nt · 9 bp · 6 PK-bp · MFE -2.3 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 6 bp · MFE -2.1 DeRNA: AA8 · 24 nt · 6 bp · MFE -2.1 AA QNFMIGER
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idx 47 Knotty: AA8 · 24 nt · 10 bp · 8 PK-bp · MFE -6.5 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 8 bp · MFE -6.2 DeRNA: AA8 · 24 nt · 8 bp · MFE -6.2 AA PGIWSCAN
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idx 51 Knotty: AA8 · 24 nt · 8 bp · 4 PK-bp · MFE -3.5 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 4 bp · MFE -2.8 DeRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -2.6 AA RFCRYAHI
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idx 60 Knotty: AA8 · 24 nt · 10 bp · 7 PK-bp · MFE -4.9 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -3.0 DeRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -3.0 AA GHCPTWYS
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idx 72 Knotty: AA8 · 24 nt · 9 bp · 3 PK-bp · MFE -3.0 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 6 bp · MFE -1.9 DeRNA: AA8 · 24 nt · 6 bp · MFE -1.9 AA SQEFEEIM
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idx 78 Knotty: AA8 · 24 nt · 8 bp · 5 PK-bp · MFE -2.5 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 5 bp · MFE -2.0 DeRNA: AA8 · 24 nt · 5 bp · MFE -2.0 AA FMMRYTDC
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idx 91 Knotty: AA8 · 24 nt · 8 bp · 2 PK-bp · MFE -4.1 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 5 bp · MFE -3.6 DeRNA: AA8 · 24 nt · 5 bp · MFE -3.6 AA GQDLWCKM
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idx 86 Knotty: AA8 · 24 nt · 10 bp · 7 PK-bp · MFE -3.7 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -3.7 DeRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -3.7 AA VSYCNKQA
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idx 95 Knotty: AA8 · 24 nt · 7 bp · 5 PK-bp · MFE -3.5 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -2.9 DeRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -2.9 AA PYWCFRPP
PK
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idx 97 Knotty: AA8 · 24 nt · 10 bp · 4 PK-bp · MFE -2.8 ViennaRNA: AA8 · 24 nt · 7 bp · MFE -1.1 DeRNA: AA8 · 24 nt · 5 bp · MFE -0.7 AA INNQHYYV
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idx 6 Knotty: AA9 · 27 nt · 9 bp · 5 PK-bp · MFE -4.5 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 7 bp · MFE -3.9 DeRNA: AA9 · 27 nt · 7 bp · MFE -3.9 AA RKEETGAIL
PK
idx 11 Knottyidx 11 ViennaRNAidx 11 DeRNA initial
idx 11 Knotty: AA9 · 27 nt · 10 bp · 8 PK-bp · MFE -3.1 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 6 bp · MFE -2.9 DeRNA: AA9 · 27 nt · 6 bp · MFE -2.9 AA YACFKIFSC
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idx 12 Knottyidx 12 ViennaRNAidx 12 DeRNA initial
idx 12 Knotty: AA9 · 27 nt · 10 bp · 7 PK-bp · MFE -1.6 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 7 bp · MFE -0.7 DeRNA: AA9 · 27 nt · 7 bp · MFE -0.7 AA WCYRDDFKM
PK
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idx 30 Knotty: AA9 · 27 nt · 9 bp · 4 PK-bp · MFE -3.2 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 5 bp · MFE -3.1 DeRNA: AA9 · 27 nt · 5 bp · MFE -3.1 AA WRDMEAGNM
PK
idx 54 Knottyidx 54 ViennaRNAidx 54 DeRNA initial
idx 54 Knotty: AA9 · 27 nt · 10 bp · 6 PK-bp · MFE -5.6 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 7 bp · MFE -5.0 DeRNA: AA9 · 27 nt · 7 bp · MFE -5.0 AA HNVVCAMEG
PK
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idx 61 Knotty: AA9 · 27 nt · 10 bp · 6 PK-bp · MFE -3.4 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 6 bp · MFE -3.2 DeRNA: AA9 · 27 nt · 6 bp · MFE -3.2 AA HRTDHNEDS
PK
idx 40 Knottyidx 40 ViennaRNAidx 40 DeRNA initial
idx 40 Knotty: AA9 · 27 nt · 10 bp · 4 PK-bp · MFE -5.0 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 8 bp · MFE -5.7 DeRNA: AA9 · 27 nt · 8 bp · MFE -4.6 AA LSWWKDCCP
PK
idx 69 Knottyidx 69 ViennaRNAidx 69 DeRNA initial
idx 69 Knotty: AA9 · 27 nt · 10 bp · 2 PK-bp · MFE -3.9 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 8 bp · MFE -3.5 DeRNA: AA9 · 27 nt · 8 bp · MFE -3.5 AA YNQSDCKNS
PK
idx 77 Knottyidx 77 ViennaRNAidx 77 DeRNA initial
idx 77 Knotty: AA9 · 27 nt · 12 bp · 4 PK-bp · MFE -4.7 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 8 bp · MFE -4.4 DeRNA: AA9 · 27 nt · 8 bp · MFE -4.4 AA LWHCDVKYE
PK
idx 72 Knottyidx 72 ViennaRNAidx 72 DeRNA initial
idx 72 Knotty: AA9 · 27 nt · 12 bp · 9 PK-bp · MFE -5.6 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 9 bp · MFE -4.8 DeRNA: AA9 · 27 nt · 9 bp · MFE -4.8 AA MISHDIQER
PK
idx 67 Knottyidx 67 ViennaRNAidx 67 DeRNA initial
idx 67 Knotty: AA9 · 27 nt · 9 bp · 5 PK-bp · MFE -4.0 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 7 bp · MFE -3.2 DeRNA: AA9 · 27 nt · 7 bp · MFE -3.2 AA IRMDRKCMF
PK
idx 66 Knottyidx 66 ViennaRNAidx 66 DeRNA initial
idx 66 Knotty: AA9 · 27 nt · 11 bp · 7 PK-bp · MFE -7.5 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 7 bp · MFE -6.8 DeRNA: AA9 · 27 nt · 7 bp · MFE -6.8 AA VDKATDHVV
PK
idx 89 Knottyidx 89 ViennaRNAidx 89 DeRNA initial
idx 89 Knotty: AA9 · 27 nt · 8 bp · 2 PK-bp · MFE -1.1 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 8 bp · MFE -1.0 DeRNA: AA9 · 27 nt · 8 bp · MFE -1.0 AA QNMHERWII
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idx 81 Knottyidx 81 ViennaRNAidx 81 DeRNA initial
idx 81 Knotty: AA9 · 27 nt · 11 bp · 9 PK-bp · MFE -9.6 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 9 bp · MFE -9.4 DeRNA: AA9 · 27 nt · 9 bp · MFE -9.4 AA RHIQPEGLG
PK
idx 87 Knottyidx 87 ViennaRNAidx 87 DeRNA initial
idx 87 Knotty: AA9 · 27 nt · 10 bp · 2 PK-bp · MFE -3.2 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 9 bp · MFE -2.4 DeRNA: AA9 · 27 nt · 9 bp · MFE -2.4 AA WYVCEMDYE
PK
idx 99 Knottyidx 99 ViennaRNAidx 99 DeRNA initial
idx 99 Knotty: AA9 · 27 nt · 8 bp · 3 PK-bp · MFE -3.8 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 5 bp · MFE -2.8 DeRNA: AA9 · 27 nt · 5 bp · MFE -2.8 AA ITWHCEHCI
PK
idx 93 Knottyidx 93 ViennaRNAidx 93 DeRNA initial
idx 93 Knotty: AA9 · 27 nt · 10 bp · 7 PK-bp · MFE -6.0 ViennaRNA: AA9 · 27 nt · 8 bp · MFE -6.0 DeRNA: AA9 · 27 nt · 8 bp · MFE -6.0 AA EEEHFQRRS
PK
idx 1 Knottyidx 1 ViennaRNAidx 1 DeRNA initial
idx 1 Knotty: AA10 · 30 nt · 12 bp · 3 PK-bp · MFE -3.8 ViennaRNA: AA10 · 30 nt · 9 bp · MFE -4.6 DeRNA: AA10 · 30 nt · 9 bp · MFE -4.6 AA FEISTIDQHW
PK
idx 4 Knottyidx 4 ViennaRNAidx 4 DeRNA initial
idx 4 Knotty: AA10 · 30 nt · 11 bp · 9 PK-bp · MFE -2.0 ViennaRNA: AA10 · 30 nt · 9 bp · MFE -1.1 DeRNA: AA10 · 30 nt · 9 bp · MFE -1.1 AA SWIENMWYCQ
PK
idx 5 Knottyidx 5 ViennaRNAidx 5 DeRNA initial
idx 5 Knotty: AA10 · 30 nt · 10 bp · 8 PK-bp · MFE -4.3 ViennaRNA: AA10 · 30 nt · 8 bp · MFE -3.8 DeRNA: AA10 · 30 nt · 8 bp · MFE -3.8 AA FWHADSYNPT
PK
idx 6 Knottyidx 6 ViennaRNAidx 6 DeRNA initial
idx 6 Knotty: AA10 · 30 nt · 10 bp · 3 PK-bp · MFE -5.2 ViennaRNA: AA10 · 30 nt · 9 bp · MFE -5.3 DeRNA: AA10 · 30 nt · 9 bp · MFE -5.3 AA TWWDQYEMCS
PK
idx 3 Knottyidx 3 ViennaRNAidx 3 DeRNA initial
idx 3 Knotty: AA10 · 30 nt · 13 bp · 3 PK-bp · MFE -8.7 ViennaRNA: AA10 · 30 nt · 12 bp · MFE -6.7 DeRNA: AA10 · 30 nt · 12 bp · MFE -6.7 AA FGKDVLCPFG
PK
idx 15 Knottyidx 15 ViennaRNAidx 15 DeRNA initial
idx 15 Knotty: AA10 · 30 nt · 12 bp · 3 PK-bp · MFE -6.0 ViennaRNA: AA10 · 30 nt · 9 bp · MFE -5.9 DeRNA: AA10 · 30 nt · 9 bp · MFE -5.9 AA GFFMMWSFHS
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idx 96 Knotty: AA20 · 60 nt · 24 bp · 10 PK-bp · MFE -17.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -16.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -16.8 AA MHYVAMRMECKFKQPRVAGP
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idx 105 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · 3 PK-bp · MFE -11.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -11.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -11.5 AA YFWQTEMHIPHYEQDPWMVV
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idx 104 Knotty: AA20 · 60 nt · 25 bp · 4 PK-bp · MFE -15.7 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -15.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -15.6 AA GEPDQEMNCWGWTCYANCFS
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idx 116 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · 3 PK-bp · MFE -15.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -14.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -14.8 AA GDAQVYDPCESLFKMWMNNE
PK
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idx 130 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · 11 PK-bp · MFE -16.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -15.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -15.6 AA QHQDSKGMDQWGSFVDYKFT
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idx 158 Knotty: AA20 · 60 nt · 24 bp · 3 PK-bp · MFE -13.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -12.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -12.6 AA IYHIGMSEVHTKNIFKSNFL
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idx 164 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · 5 PK-bp · MFE -14.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -12.0 DeRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -12.0 AA ISLFYYLNEPEMKSVIMDQF
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idx 193 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · 4 PK-bp · MFE -11.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -11.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -11.2 AA SKKEMDYSQEDPFIRKPDHC
PK
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idx 190 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · 5 PK-bp · MFE -11.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -9.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -9.9 AA KYFIFEWFDWFCDPYGWLHW
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idx 209 Knotty: AA20 · 60 nt · 25 bp · 6 PK-bp · MFE -17.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -16.0 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -16.0 AA WYFHCFCTVSCEQAYWDPWA
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idx 226 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · 14 PK-bp · MFE -14.1 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -14.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -14.8 AA DVDNMWCMVEYMAWVIDHGH
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idx 229 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · 4 PK-bp · MFE -10.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 15 bp · MFE -8.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 15 bp · MFE -8.9 AA IHTQQKDIKTFYRMHLAYII
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idx 231 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · 3 PK-bp · MFE -13.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -11.6 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -11.6 AA LRFMEMNWWYECENWKHTIW
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idx 233 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · 4 PK-bp · MFE -13.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -12.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -12.3 AA PDCFKGMQIYHYEDAVPIYC
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idx 234 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · 10 PK-bp · MFE -17.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -16.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 21 bp · MFE -16.8 AA DCHSLVMQEHEVNMHMNASC
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idx 239 Knotty: AA20 · 60 nt · 21 bp · 5 PK-bp · MFE -13.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -14.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -14.2 AA YHLGKICKFRMQQMAIMWHN
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idx 253 Knotty: AA20 · 60 nt · 26 bp · 7 PK-bp · MFE -22.3 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -22.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -22.4 AA RWDHVAGLHWRRNLLPQRWQ
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idx 285 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · 8 PK-bp · MFE -10.8 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -10.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -10.4 AA IWPFMCPPPYQKFYHYNHSG
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idx 286 Knotty: AA20 · 60 nt · 20 bp · 2 PK-bp · MFE -13.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -12.9 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -12.6 AA FTGYFIRNIKVQVCTNHNDF
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idx 306 Knotty: AA20 · 60 nt · 19 bp · 6 PK-bp · MFE -10.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -9.3 DeRNA: AA20 · 60 nt · 17 bp · MFE -9.3 AA HRDKQLEWMWMCWDYWYNCQ
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idx 303 Knotty: AA20 · 60 nt · 24 bp · 2 PK-bp · MFE -15.2 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -14.4 DeRNA: AA20 · 60 nt · 22 bp · MFE -14.4 AA YMENQTCQDGTCAFKFMCQV
PK
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idx 315 Knotty: AA20 · 60 nt · 18 bp · 12 PK-bp · MFE -11.6 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -9.8 DeRNA: AA20 · 60 nt · 19 bp · MFE -9.8 AA EEYSSNMDLRGWKHMINKWC
PK
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idx 316 Knotty: AA20 · 60 nt · 22 bp · 2 PK-bp · MFE -18.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -17.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 20 bp · MFE -17.5 AA YDPRLCIITAVNLWMFGMQH
PK
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idx 340 Knotty: AA20 · 60 nt · 25 bp · 15 PK-bp · MFE -17.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -17.2 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -17.2 AA RRKDAMQMLHDWIFQPSWKH
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idx 338 Knotty: AA20 · 60 nt · 23 bp · 5 PK-bp · MFE -10.4 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -10.1 DeRNA: AA20 · 60 nt · 23 bp · MFE -10.1 AA DDDIDSMNAMIIYENSKFCH
PK
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idx 347 Knotty: AA20 · 60 nt · 17 bp · 5 PK-bp · MFE -9.9 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 16 bp · MFE -7.7 DeRNA: AA20 · 60 nt · 16 bp · MFE -7.7 AA MCSQYMQRDQECGEDNKWDQ
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idx 348 Knotty: AA20 · 60 nt · 26 bp · 8 PK-bp · MFE -18.0 ViennaRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -17.5 DeRNA: AA20 · 60 nt · 18 bp · MFE -17.5 AA RRIDQYMNMVLSFDPLDIYW
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idx 50 Knotty: AA26 · 78 nt · 31 bp · 3 PK-bp · MFE -22.3 ViennaRNA: AA26 · 78 nt · 30 bp · MFE -22.0 DeRNA: AA26 · 78 nt · 30 bp · MFE -22.0 AA PHQINMQFPLIYYWIVVYQYCDPVMD
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idx 54 Knotty: AA26 · 78 nt · 28 bp · 5 PK-bp · MFE -27.8 ViennaRNA: AA26 · 78 nt · 26 bp · MFE -27.2 DeRNA: AA26 · 78 nt · 26 bp · MFE -27.2 AA GPHAWPALHQDHMKTIGVKRKCFIVE
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idx 85 Knotty: AA26 · 78 nt · 29 bp · 4 PK-bp · MFE -17.7 ViennaRNA: AA26 · 78 nt · 25 bp · MFE -17.6 DeRNA: AA26 · 78 nt · 25 bp · MFE -17.6 AA LTRCSPEYKHRNGKHWKMNLGNHINY
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idx 90 Knotty: AA26 · 78 nt · 31 bp · 9 PK-bp · MFE -22.6 ViennaRNA: AA26 · 78 nt · 28 bp · MFE -21.8 DeRNA: AA26 · 78 nt · 28 bp · MFE -21.8 AA QWHLIDCQSDLQSTNFVPKYPWIWKG
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idx 95 Knotty: AA26 · 78 nt · 27 bp · 8 PK-bp · MFE -21.6 ViennaRNA: AA26 · 78 nt · 28 bp · MFE -20.1 DeRNA: AA26 · 78 nt · 28 bp · MFE -20.1 AA ELECHKYYFWWPIWDSIIVMPINVMG
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idx 17 Knotty: AA27 · 81 nt · 32 bp · 3 PK-bp · MFE -24.7 ViennaRNA: AA27 · 81 nt · 29 bp · MFE -24.3 DeRNA: AA27 · 81 nt · 29 bp · MFE -24.3 AA HGFQHATGCCNAPPMIPALTFVAYPYG
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idx 30 Knotty: AA27 · 81 nt · 30 bp · 3 PK-bp · MFE -29.6 ViennaRNA: AA27 · 81 nt · 30 bp · MFE -28.7 DeRNA: AA27 · 81 nt · 30 bp · MFE -28.7 AA FQISPNPKFPRQKARKGSSDQNQDPWD
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idx 45 Knotty: AA27 · 81 nt · 28 bp · 22 PK-bp · MFE -21.6 ViennaRNA: AA27 · 81 nt · 23 bp · MFE -20.7 DeRNA: AA27 · 81 nt · 23 bp · MFE -20.7 AA NHFEMYKTDPFEETYGMHSIGHIAGKF
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idx 60 Knotty: AA27 · 81 nt · 31 bp · 8 PK-bp · MFE -34.7 ViennaRNA: AA27 · 81 nt · 30 bp · MFE -32.9 DeRNA: AA27 · 81 nt · 30 bp · MFE -32.0 AA WCFAHNDPEGSRARSMAKKTPKTPVAF
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idx 64 Knotty: AA27 · 81 nt · 32 bp · 11 PK-bp · MFE -23.6 ViennaRNA: AA27 · 81 nt · 30 bp · MFE -20.2 DeRNA: AA27 · 81 nt · 30 bp · MFE -20.2 AA TNAIIHKQGTWDDLIYEPELHFMDKFR
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idx 81 Knotty: AA27 · 81 nt · 28 bp · 3 PK-bp · MFE -23.3 ViennaRNA: AA27 · 81 nt · 27 bp · MFE -20.8 DeRNA: AA27 · 81 nt · 27 bp · MFE -20.4 AA SSIIYTRWVVAIERGFNKNAILAKHKV
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idx 7 Knotty: AA28 · 84 nt · 35 bp · 26 PK-bp · MFE -19.8 ViennaRNA: AA28 · 84 nt · 29 bp · MFE -18.2 DeRNA: AA28 · 84 nt · 29 bp · MFE -18.2 AA IMKDGMYAPYDGNNQSFTMHPWYIDRKD
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idx 21 Knotty: AA28 · 84 nt · 34 bp · 14 PK-bp · MFE -36.3 ViennaRNA: AA28 · 84 nt · 32 bp · MFE -36.9 DeRNA: AA28 · 84 nt · 32 bp · MFE -36.9 AA ATAREFMDINDQRCSPASEGMYPCRWAA
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idx 38 Knotty: AA28 · 84 nt · 25 bp · 6 PK-bp · MFE -13.6 ViennaRNA: AA28 · 84 nt · 22 bp · MFE -12.7 DeRNA: AA28 · 84 nt · 22 bp · MFE -12.7 AA NFKTLQWYNLQMPKTMKRTFYNNMQAQT
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idx 37 Knotty: AA28 · 84 nt · 32 bp · 11 PK-bp · MFE -25.9 ViennaRNA: AA28 · 84 nt · 30 bp · MFE -24.8 DeRNA: AA28 · 84 nt · 31 bp · MFE -25.8 AA HWFGFVDSDPHCQYYPRHIFAMQMCEGL
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idx 40 Knotty: AA28 · 84 nt · 30 bp · 3 PK-bp · MFE -23.0 ViennaRNA: AA28 · 84 nt · 31 bp · MFE -23.2 DeRNA: AA28 · 84 nt · 31 bp · MFE -23.2 AA HKINWVRRGFYNYIRWQWIMKDTSPSCY
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idx 49 Knotty: AA28 · 84 nt · 28 bp · 9 PK-bp · MFE -12.4 ViennaRNA: AA28 · 84 nt · 27 bp · MFE -11.5 DeRNA: AA28 · 84 nt · 27 bp · MFE -11.5 AA PFKDPNQCQFYKNMMHHQYRPPMFKKCF
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idx 70 Knotty: AA30 · 90 nt · 37 bp · 3 PK-bp · MFE -24.2 ViennaRNA: AA30 · 90 nt · 34 bp · MFE -23.6 DeRNA: AA30 · 90 nt · 34 bp · MFE -23.6 AA SDFIGFGAPHHWTVVEQMKETCYKHRFVPY
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idx 76 Knotty: AA30 · 90 nt · 31 bp · 4 PK-bp · MFE -21.9 ViennaRNA: AA30 · 90 nt · 28 bp · MFE -20.6 DeRNA: AA30 · 90 nt · 28 bp · MFE -20.6 AA SHGWRYFRDDYNQYDTFSKHRQEQDIFEFN
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idx 81 Knotty: AA30 · 90 nt · 35 bp · 3 PK-bp · MFE -24.6 ViennaRNA: AA30 · 90 nt · 31 bp · MFE -23.9 DeRNA: AA30 · 90 nt · 31 bp · MFE -23.9 AA QKRCEQNENWGMGLIYKFVVDGYTAWHSKG
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idx 97 Knotty: AA30 · 90 nt · 37 bp · 6 PK-bp · MFE -28.7 ViennaRNA: AA30 · 90 nt · 35 bp · MFE -27.9 DeRNA: AA30 · 90 nt · 35 bp · MFE -27.9 AA LDWLFKKTMWDMWDGSYLMCKDVARICIFL
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idx 14 Knotty: AA31 · 93 nt · 37 bp · 25 PK-bp · MFE -30.4 ViennaRNA: AA31 · 93 nt · 34 bp · MFE -30.4 DeRNA: AA31 · 93 nt · 34 bp · MFE -30.4 AA DNEWFAQSDCMDLYEITARTPQQVPMEEDLE
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idx 20 Knotty: AA31 · 93 nt · 39 bp · 3 PK-bp · MFE -33.0 ViennaRNA: AA31 · 93 nt · 39 bp · MFE -31.8 DeRNA: AA31 · 93 nt · 39 bp · MFE -31.8 AA VICIVVTNSPPHCRGDARPDHQVCKWHHVYA
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idx 25 Knotty: AA31 · 93 nt · 35 bp · 8 PK-bp · MFE -30.5 ViennaRNA: AA31 · 93 nt · 35 bp · MFE -30.4 DeRNA: AA31 · 93 nt · 35 bp · MFE -30.4 AA NTPVMCSLPYFDQWDLIACHRWFQVIEVIVN
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idx 37 Knotty: AA31 · 93 nt · 34 bp · 5 PK-bp · MFE -29.0 ViennaRNA: AA31 · 93 nt · 31 bp · MFE -28.6 DeRNA: AA31 · 93 nt · 31 bp · MFE -28.6 AA MHGAHKKYSQHNWECPHSIHMTFQRYQSGKP
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idx 60 Knotty: AA31 · 93 nt · 35 bp · 4 PK-bp · MFE -25.5 ViennaRNA: AA31 · 93 nt · 32 bp · MFE -23.6 DeRNA: AA31 · 93 nt · 35 bp · MFE -22.6 AA YTMINNPLKYDYGTSPLNVWFEDITGFEFPN
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idx 64 Knotty: AA31 · 93 nt · 36 bp · 3 PK-bp · MFE -26.3 ViennaRNA: AA31 · 93 nt · 36 bp · MFE -25.1 DeRNA: AA31 · 93 nt · 36 bp · MFE -25.1 AA CVYWKPIRNKEERFSPIVWCVTCEQRSMMLA
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idx 83 Knotty: AA31 · 93 nt · 35 bp · 5 PK-bp · MFE -27.6 ViennaRNA: AA31 · 93 nt · 34 bp · MFE -26.9 DeRNA: AA31 · 93 nt · 34 bp · MFE -26.9 AA YMAIMKKRDAFIHGYHVDQHHDGIWMFLPFH
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idx 87 Knotty: AA31 · 93 nt · 37 bp · 14 PK-bp · MFE -26.0 ViennaRNA: AA31 · 93 nt · 31 bp · MFE -24.4 DeRNA: AA31 · 93 nt · 31 bp · MFE -24.4 AA NKNYCAWTYYIYFFWPFDKLIKTAEDWVQVY
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idx 2 Knotty: AA32 · 96 nt · 37 bp · 5 PK-bp · MFE -25.5 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 33 bp · MFE -24.6 DeRNA: AA32 · 96 nt · 33 bp · MFE -24.6 AA PNNFEIFLKHKMTTLFQMWRLENIPKHICERE
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idx 0 Knotty: AA32 · 96 nt · 39 bp · 32 PK-bp · MFE -28.0 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 32 bp · MFE -26.9 DeRNA: AA32 · 96 nt · 32 bp · MFE -26.9 AA WKSGINWWIRCRWADEKIFTLLRQMVTEHCTK
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idx 16 Knotty: AA32 · 96 nt · 31 bp · 14 PK-bp · MFE -20.6 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 34 bp · MFE -19.6 DeRNA: AA32 · 96 nt · 34 bp · MFE -19.6 AA IDMRYSAMDQYDYMFLCVIKEASQKMIKKKFP
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idx 39 Knotty: AA32 · 96 nt · 31 bp · 6 PK-bp · MFE -26.4 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 29 bp · MFE -25.8 DeRNA: AA32 · 96 nt · 29 bp · MFE -25.8 AA WWKRTIHHDKWRFFHYLRTGPTNTEMHNTKPE
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idx 40 Knotty: AA32 · 96 nt · 36 bp · 2 PK-bp · MFE -27.3 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 37 bp · MFE -26.3 DeRNA: AA32 · 96 nt · 37 bp · MFE -26.3 AA SENWYSAMHILRVTYERKGENFIPCPMCMEID
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idx 57 Knotty: AA32 · 96 nt · 38 bp · 5 PK-bp · MFE -32.4 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 36 bp · MFE -29.3 DeRNA: AA32 · 96 nt · 36 bp · MFE -28.3 AA YHNPHMLKLRVAVKYCQAWHQVVTCMIEPRKH
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idx 58 Knottyidx 58 ViennaRNAidx 58 DeRNA initial
idx 58 Knotty: AA32 · 96 nt · 35 bp · 11 PK-bp · MFE -33.7 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 32 bp · MFE -33.9 DeRNA: AA32 · 96 nt · 32 bp · MFE -33.9 AA VNQMQIAMCVHCYHVTLMCRHLWVAWHRAQTE
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idx 61 Knotty: AA32 · 96 nt · 36 bp · 32 PK-bp · MFE -24.4 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 36 bp · MFE -22.9 DeRNA: AA32 · 96 nt · 36 bp · MFE -22.9 AA CQPGHVNCDFTSGGERFENDCGNCKNHNMDDL
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idx 69 Knotty: AA32 · 96 nt · 37 bp · 4 PK-bp · MFE -24.4 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 33 bp · MFE -25.1 DeRNA: AA32 · 96 nt · 33 bp · MFE -24.6 AA YVWPSFIDVWWINNNGHNMHADECSQFLRQKT
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idx 71 Knotty: AA32 · 96 nt · 35 bp · 4 PK-bp · MFE -32.0 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 32 bp · MFE -32.4 DeRNA: AA32 · 96 nt · 32 bp · MFE -32.4 AA QLPMFRALHSCEKVEYGCQCHLTFENMRKESN
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idx 75 Knotty: AA32 · 96 nt · 32 bp · 16 PK-bp · MFE -24.8 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 33 bp · MFE -24.4 DeRNA: AA32 · 96 nt · 33 bp · MFE -24.4 AA MWQQRNYFLGWQQKFQRHHLCNVNSFCEEERR
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idx 83 Knotty: AA32 · 96 nt · 35 bp · 6 PK-bp · MFE -24.9 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 31 bp · MFE -23.9 DeRNA: AA32 · 96 nt · 31 bp · MFE -23.9 AA KCKKTTPQRSPFYSHMMEMGTICAYNQPHQHC
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idx 91 Knottyidx 91 ViennaRNAidx 91 DeRNA initial
idx 91 Knotty: AA32 · 96 nt · 35 bp · 2 PK-bp · MFE -20.4 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 33 bp · MFE -26.4 DeRNA: AA32 · 96 nt · 33 bp · MFE -25.4 AA DIMDIQFPLDNEWCDTNCRQFHNTGFCCKKRR
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idx 96 Knotty: AA32 · 96 nt · 37 bp · 5 PK-bp · MFE -28.8 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 32 bp · MFE -28.4 DeRNA: AA32 · 96 nt · 32 bp · MFE -28.4 AA WNYDCPMFTTEGVCYCPNDLASTLTLHSSKNW
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idx 99 Knottyidx 99 ViennaRNAidx 99 DeRNA initial
idx 99 Knotty: AA32 · 96 nt · 34 bp · 17 PK-bp · MFE -23.4 ViennaRNA: AA32 · 96 nt · 33 bp · MFE -22.5 DeRNA: AA32 · 96 nt · 33 bp · MFE -22.5 AA RQIKRFYMKYYLMIIWGKHNQCKKWTIVVNAC
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idx 7 Knotty: AA33 · 99 nt · 39 bp · 9 PK-bp · MFE -32.7 ViennaRNA: AA33 · 99 nt · 36 bp · MFE -30.6 DeRNA: AA33 · 99 nt · 36 bp · MFE -30.6 AA CSMSWEYSHAWRMQTYCLDRSDHYCHEFDRKSW
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idx 34 Knottyidx 34 ViennaRNAidx 34 DeRNA initial
idx 34 Knotty: AA33 · 99 nt · 35 bp · 4 PK-bp · MFE -28.9 ViennaRNA: AA33 · 99 nt · 32 bp · MFE -27.4 DeRNA: AA33 · 99 nt · 32 bp · MFE -27.4 AA DCQVQHTANHGMGKKIQGCQSDFEWSNKKGVPW
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idx 40 Knottyidx 40 ViennaRNAidx 40 DeRNA initial
idx 40 Knotty: AA33 · 99 nt · 40 bp · 2 PK-bp · MFE -28.8 ViennaRNA: AA33 · 99 nt · 37 bp · MFE -27.9 DeRNA: AA33 · 99 nt · 38 bp · MFE -28.9 AA LHYLWWTETVYRCKDYVGCHKRWRQIYERYAQT
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idx 44 Knottyidx 44 ViennaRNAidx 44 DeRNA initial
idx 44 Knotty: AA33 · 99 nt · 38 bp · 4 PK-bp · MFE -31.6 ViennaRNA: AA33 · 99 nt · 38 bp · MFE -30.7 DeRNA: AA33 · 99 nt · 38 bp · MFE -30.7 AA QIFQVWYLIYLENVWFWNKPMDALQIQYHACVH
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idx 49 Knottyidx 49 ViennaRNAidx 49 DeRNA initial
idx 49 Knotty: AA33 · 99 nt · 35 bp · 10 PK-bp · MFE -23.7 ViennaRNA: AA33 · 99 nt · 35 bp · MFE -22.8 DeRNA: AA33 · 99 nt · 35 bp · MFE -22.8 AA FKMFSYNHINWDCMISDKEGKHKLFKMWAAPYI
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idx 89 Knotty: AA36 · 108 nt · 41 bp · 25 PK-bp · MFE -32.1 ViennaRNA: AA36 · 108 nt · 40 bp · MFE -31.9 DeRNA: AA36 · 108 nt · 40 bp · MFE -31.9 AA DGATSMTKRRMHETEQNANFPTYHCISIGEDCTWVM
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idx 67 Knotty: AA37 · 111 nt · 40 bp · 3 PK-bp · MFE -32.2 ViennaRNA: AA37 · 111 nt · 37 bp · MFE -31.4 DeRNA: AA37 · 111 nt · 37 bp · MFE -31.4 AA FYRHIKCYKPDDHAMWFASPQKFCNKMDEMWRANLSS
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idx 37 Knotty: AA38 · 114 nt · 38 bp · 7 PK-bp · MFE -39.5 ViennaRNA: AA38 · 114 nt · 40 bp · MFE -39.9 DeRNA: AA38 · 114 nt · 40 bp · MFE -39.9 AA CPGWYSSRWPTFLAPFAPFKSGFCEDIFMQQFEVLCHV
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idx 51 Knotty: AA38 · 114 nt · 40 bp · 7 PK-bp · MFE -25.6 ViennaRNA: AA38 · 114 nt · 38 bp · MFE -24.8 DeRNA: AA38 · 114 nt · 38 bp · MFE -24.8 AA KINFDCMVMCKRQTKAYQMNFPEICYFNWMDRRPKFQF
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idx 48 Knotty: AA38 · 114 nt · 44 bp · 4 PK-bp · MFE -35.6 ViennaRNA: AA38 · 114 nt · 40 bp · MFE -35.4 DeRNA: AA38 · 114 nt · 40 bp · MFE -35.4 AA CWDPRMFCIFGKTADVHWDYIVRMNRGMMHITGIYCNA
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idx 91 Knotty: AA43 · 129 nt · 49 bp · 2 PK-bp · MFE -40.8 ViennaRNA: AA43 · 129 nt · 50 bp · MFE -40.3 DeRNA: AA43 · 129 nt · 50 bp · MFE -40.3 AA DGTFLQFKHAKESCMIQVITTHRRCITNDRLDEDIAHKVDAIH
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idx 97 Knotty: AA43 · 129 nt · 52 bp · 15 PK-bp · MFE -44.1 ViennaRNA: AA43 · 129 nt · 48 bp · MFE -44.1 DeRNA: AA43 · 129 nt · 48 bp · MFE -44.1 AA WNGHQCESGIVLCDQQCPACRTKMWCEQNAFEFYLGKWCGILA
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idx 14 Knotty: AA44 · 132 nt · 54 bp · 20 PK-bp · MFE -47.7 ViennaRNA: AA44 · 132 nt · 51 bp · MFE -47.7 DeRNA: AA44 · 132 nt · 51 bp · MFE -47.7 AA CAYRCFTVFRTGWLTLGGFQKSFLKRIIGYYTPWLYNGQKVYNE
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idx 29 Knotty: AA44 · 132 nt · 52 bp · 6 PK-bp · MFE -44.9 ViennaRNA: AA44 · 132 nt · 50 bp · MFE -44.6 DeRNA: AA44 · 132 nt · 50 bp · MFE -44.6 AA MPNGLFDSQKYQKRLEAFDQDLWKVFSSVSTNGRIRNYKFCFMT
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idx 40 Knotty: AA44 · 132 nt · 56 bp · 3 PK-bp · MFE -45.8 ViennaRNA: AA44 · 132 nt · 56 bp · MFE -45.7 DeRNA: AA44 · 132 nt · 56 bp · MFE -45.7 AA PERSIEKMRTHDVRVQLSQIAARLVSQLIFDVFAMQLDNCWTQW
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idx 76 Knotty: AA44 · 132 nt · 53 bp · 14 PK-bp · MFE -53.9 ViennaRNA: AA44 · 132 nt · 49 bp · MFE -54.4 DeRNA: AA44 · 132 nt · 49 bp · MFE -54.4 AA MYKNQVGGKIEQSPMLGRELWLVLAGYSQRIQPLQCIAMASGLL
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idx 77 Knotty: AA44 · 132 nt · 50 bp · 6 PK-bp · MFE -41.0 ViennaRNA: AA44 · 132 nt · 49 bp · MFE -40.2 DeRNA: AA44 · 132 nt · 49 bp · MFE -40.2 AA PDWEDFVMNFRCCGTERMWDVVAKHIMWDYIWLWEAWCLSTYRQ
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idx 90 Knotty: AA44 · 132 nt · 48 bp · 2 PK-bp · MFE -38.6 ViennaRNA: AA44 · 132 nt · 46 bp · MFE -38.9 DeRNA: AA44 · 132 nt · 46 bp · MFE -38.9 AA KEGRAEEMKQNWNDPWHRLNWFAYSEKGLNDLKFWRDLPKDRNY
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idx 0 Knotty: AA45 · 135 nt · 55 bp · 2 PK-bp · MFE -50.3 ViennaRNA: AA45 · 135 nt · 53 bp · MFE -50.3 DeRNA: AA45 · 135 nt · 53 bp · MFE -50.3 AA LVGYKFHGVGSLTNCSYMRSLTFRVWIHMHPAACKNSPYGFSQCD
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idx 5 Knotty: AA45 · 135 nt · 55 bp · 4 PK-bp · MFE -55.3 ViennaRNA: AA45 · 135 nt · 51 bp · MFE -55.2 DeRNA: AA45 · 135 nt · 51 bp · MFE -55.2 AA ALRERFLCPAAFETWLLRDAFPCGLAFIANSLEDVGACIEIFSNH
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idx 10 Knotty: AA45 · 135 nt · 56 bp · 5 PK-bp · MFE -45.5 ViennaRNA: AA45 · 135 nt · 52 bp · MFE -44.3 DeRNA: AA45 · 135 nt · 52 bp · MFE -44.3 AA YYFPKFVKTETATEPQLCFTNHIAEDGLMDPFVDKGRQMEWHDCY
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idx 34 Knotty: AA45 · 135 nt · 57 bp · 2 PK-bp · MFE -43.1 ViennaRNA: AA45 · 135 nt · 55 bp · MFE -42.8 DeRNA: AA45 · 135 nt · 55 bp · MFE -42.8 AA CEPHFQDTPHFLPRLYRGYKNISDMPRHQCVFTLPVMDEQEIWTP
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idx 84 Knotty: AA45 · 135 nt · 47 bp · 5 PK-bp · MFE -41.9 ViennaRNA: AA45 · 135 nt · 48 bp · MFE -41.3 DeRNA: AA45 · 135 nt · 48 bp · MFE -41.3 AA RQYVNKKWTEAYDQKWARATQRFWVTNSLVDDEDNFYIMTSDTQV
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idx 79 Knotty: AA45 · 135 nt · 55 bp · 18 PK-bp · MFE -49.4 ViennaRNA: AA45 · 135 nt · 51 bp · MFE -49.4 DeRNA: AA45 · 135 nt · 51 bp · MFE -48.1 AA PNKNAGTIMEWVMISHALVIYSETSTDVYADIPTPEELNVRLLAD
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idx 90 Knottyidx 90 ViennaRNAidx 90 DeRNA initial
idx 90 Knotty: AA45 · 135 nt · 57 bp · 9 PK-bp · MFE -50.3 ViennaRNA: AA45 · 135 nt · 55 bp · MFE -48.5 DeRNA: AA45 · 135 nt · 55 bp · MFE -48.5 AA RTSKLMHWVHDWLTRPEQGKMDHMNFDCVCESTCFHLYLAACERT
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idx 94 Knotty: AA45 · 135 nt · 53 bp · 8 PK-bp · MFE -43.1 ViennaRNA: AA45 · 135 nt · 51 bp · MFE -41.5 DeRNA: AA45 · 135 nt · 51 bp · MFE -41.5 AA NYSQFDCIWYRKVASHVWWDSPKGMPVIQKPKDMLLDWIEDYNVV
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idx 4 Knotty: AA46 · 138 nt · 57 bp · 7 PK-bp · MFE -48.3 ViennaRNA: AA46 · 138 nt · 57 bp · MFE -46.4 DeRNA: AA46 · 138 nt · 57 bp · MFE -46.4 AA NDLAKTDALIAEYSMFYMGCWQFNGLVKQIVHPFWHWQKKDWAFAY
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idx 12 Knottyidx 12 ViennaRNAidx 12 DeRNA initial
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PK
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idx 36 Knotty: AA49 · 147 nt · 55 bp · 7 PK-bp · MFE -44.5 ViennaRNA: AA49 · 147 nt · 51 bp · MFE -44.5 DeRNA: AA49 · 147 nt · 51 bp · MFE -44.5 AA LSTQFPSHEHVFTTDPIRKEQPHDGHRLCAHGEASMNYKNFTHVYYDKE
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idx 75 Knotty: AA49 · 147 nt · 57 bp · 10 PK-bp · MFE -49.7 ViennaRNA: AA49 · 147 nt · 53 bp · MFE -48.0 DeRNA: AA49 · 147 nt · 53 bp · MFE -48.0 AA SDHFMTDDGHKMPMHDHQIHAWTAYHKERHSEYELYNSVWRWEVFNKNA
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idx 34 Knotty: AA50 · 150 nt · 63 bp · 4 PK-bp · MFE -56.2 ViennaRNA: AA50 · 150 nt · 61 bp · MFE -55.2 DeRNA: AA50 · 150 nt · 61 bp · MFE -55.2 AA GKLRFFRMSQYRSDRSSRDGFVMAYEVIDEAYYASECNKTMFVTWHHAEG
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idx 29 Knotty: AA56 · 168 nt · 68 bp · 3 PK-bp · MFE -62.1 ViennaRNA: AA56 · 168 nt · 65 bp · MFE -62.1 DeRNA: AA56 · 168 nt · 65 bp · MFE -62.1 AA WEMSLYRNAIQPLCSLVHDDDFQDYLKCLWMWCSLARCGKMAWSGCGGISDNFHMD
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idx 32 Knotty: AA56 · 168 nt · 66 bp · 3 PK-bp · MFE -59.8 ViennaRNA: AA56 · 168 nt · 63 bp · MFE -60.0 DeRNA: AA56 · 168 nt · 63 bp · MFE -60.0 AA KCGCHHIPQNVSCNCGARWIVVLGMSGMKDWMVNQKNAAEREEALLFPPTAQDWEW
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idx 36 Knotty: AA56 · 168 nt · 63 bp · 12 PK-bp · MFE -62.0 ViennaRNA: AA56 · 168 nt · 61 bp · MFE -63.2 DeRNA: AA56 · 168 nt · 63 bp · MFE -62.3 AA LKGQLGWIRCPKICCCVGPNMYMIFCEFGAGMVKHDMSMMGNCDYRHVVRIGNREN
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idx 81 Knotty: AA57 · 171 nt · 72 bp · 58 PK-bp · MFE -53.1 ViennaRNA: AA57 · 171 nt · 62 bp · MFE -51.0 DeRNA: AA57 · 171 nt · 62 bp · MFE -51.0 AA KYRISFVLMDRSHFKHFIQPINFRDHGDVVTLNHICNCQDWVKRFMIMTWDWFSCRL
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idx 84 Knotty: AA57 · 171 nt · 68 bp · 14 PK-bp · MFE -68.3 ViennaRNA: AA57 · 171 nt · 64 bp · MFE -68.2 DeRNA: AA57 · 171 nt · 64 bp · MFE -68.2 AA HEHHIHHHGWVWRCLNYARPARKREPHRPIIYGTCWLMEIKMKAWPNMWGGRHEFPS
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idx 95 Knotty: AA57 · 171 nt · 66 bp · 2 PK-bp · MFE -62.6 ViennaRNA: AA57 · 171 nt · 66 bp · MFE -60.2 DeRNA: AA57 · 171 nt · 66 bp · MFE -60.2 AA PKGEIMCFPLEQFAKFEPMYACVKDDWSDNWDQYSNAPRALGPSEMIAILTDVLCLM
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idx 11 Knotty: AA58 · 174 nt · 65 bp · 4 PK-bp · MFE -56.4 ViennaRNA: AA58 · 174 nt · 64 bp · MFE -55.5 DeRNA: AA58 · 174 nt · 64 bp · MFE -55.5 AA GWNLKHILFRPKKMTEHRCWYADGSVHFGYYNMCTHYKAGEYNKHSFDSIFIMTISVT
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idx 35 Knotty: AA58 · 174 nt · 67 bp · 8 PK-bp · MFE -29.3 ViennaRNA: AA58 · 174 nt · 64 bp · MFE -52.9 DeRNA: AA58 · 174 nt · 64 bp · MFE -52.9 AA PKNEWWNCWTNLCQRTDTNWDETPYTTQPDTPYGLDVYLWCPGMKWYFEWHLWGTTIT
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idx 45 Knotty: AA58 · 174 nt · 71 bp · 2 PK-bp · MFE -54.1 ViennaRNA: AA58 · 174 nt · 69 bp · MFE -53.7 DeRNA: AA58 · 174 nt · 69 bp · MFE -54.1 AA VQSCRVRQWFVWFMFCSYYHMMQYNFESQVFNRINNMMRCLRDWNHGYCDIKYYDTWL
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idx 82 Knotty: AA58 · 174 nt · 65 bp · 4 PK-bp · MFE -53.0 ViennaRNA: AA58 · 174 nt · 65 bp · MFE -52.2 DeRNA: AA58 · 174 nt · 65 bp · MFE -52.2 AA KEPTLHKDNASYPTLHHCNYLPKFHWKEVHSTSCHESIFKWVTRGQGFLEFYLDYECL
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idx 12 Knotty: AA59 · 177 nt · 67 bp · 3 PK-bp · MFE -53.5 ViennaRNA: AA59 · 177 nt · 64 bp · MFE -53.6 DeRNA: AA59 · 177 nt · 65 bp · MFE -53.0 AA QLNQFNFDIIHKIGECARMTPQHDQLDFQNTEEEIPMSFVKRIKNCLAPRRTIDKQEPG
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idx 18 Knotty: AA59 · 177 nt · 68 bp · 15 PK-bp · MFE -60.3 ViennaRNA: AA59 · 177 nt · 64 bp · MFE -59.5 DeRNA: AA59 · 177 nt · 63 bp · MFE -58.2 AA AVIFDSNIQNLRDWHWMPFDGCFQVRFWVCPSQYVRHAKQFERTCPLTWFCDHMQYTQN
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idx 81 Knotty: AA60 · 180 nt · 70 bp · 9 PK-bp · MFE -56.3 ViennaRNA: AA60 · 180 nt · 68 bp · MFE -58.2 DeRNA: AA60 · 180 nt · 68 bp · MFE -58.2 AA TFWQNIIRKCHGMAHHPTQMTKIRIIAGVDNFDKWQWITCFRRSQAIKQIDAYWQGQVHY
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idx 79 Knotty: AA60 · 180 nt · 67 bp · 30 PK-bp · MFE -55.3 ViennaRNA: AA60 · 180 nt · 64 bp · MFE -54.5 DeRNA: AA60 · 180 nt · 64 bp · MFE -54.5 AA WIMCITAPCHHHAGYQDAPIDHWTPHAFCAGTNLERWMSHSNVKKKYEKFYGYVCNHAAD
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idx 92 Knotty: AA60 · 180 nt · 69 bp · 32 PK-bp · MFE -59.0 ViennaRNA: AA60 · 180 nt · 67 bp · MFE -58.8 DeRNA: AA60 · 180 nt · 67 bp · MFE -58.8 AA FRMVRVQRHGATQTNCNAFWFRLMTCKFIVHNMFGVFHVSKHYMVIYYVEVRFKSVEFSK
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